Южный федеральный университет образован в рамках национального проекта «Образование» распоряжением Правительства Российской Федерации от 23 ноября 2006 года N1616-р (pdf) и приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 4 декабря 2006 года N1447 путем присоединения к Ростовскому государственному университету трех вузов:

Таганрогского государственного радиотехнического университета, Ростовского государственного педагогического университета, Ростовской государственной академии архитектуры и искусств.

С июля 2010 г. Университет изменил свой статус и стал федеральным государственным автономным образовательным учреждением.